Szczawnik należy do najstarszych miejscowości na terenie Beskidu Sądeckiego. Powstał na obszarze dóbr muszyńskich (tzw. państwo muszyńskie) należących od 1288 roku do biskupów krakowskich. Zaangażowanie biskupa Jana Muskaty w bunt przeciw Łokietkowi pozbawiło diecezję krakowską tych majętności – stały się one królewszczyzną. Za panowania syna Władysława Łokietka, Kazimierza Wielkiego, prowadzącego ożywioną działalność kolonizacyjną (także w Beskidach) dokonano pierwszej lokacji  Szczawnika. Było to w roku 1352 – założono wtedy wioskę na tzw. prawie niemieckim. Pierwszymi jego mieszkańcami byli zapewne Polacy. Informację o fakcie tym podaje Jan Długosz w „Liber Beneficiorum”(Księga uposażeń biskupstwa krakowskiego). W 1391 r. król Władysław Jagiełło zwrócił dobra muszyńskie krakowskim biskupom. Odtąd  aż po rok 1781 obszary te stanowiły wielki klucz posiadłości obejmujących (w XVII w.) 2 miasta (Muszyna, Tylicz) oraz 35 wsi. Jedną z nich był Szczawnik. W 1516 r. z polecenia biskupa krakowskiego Jana Konarskiego zasadźca Waśko Wołoszyn dokonał ponownej lokacji wsi – tym razem na prawie wołoskim. Umowa lokacyjna zakładała m.in. okres 20-letniej wolnizny na zagospodarowanie i zakaz posiadania młyna. Nowa lokacja miała związek z rozpowszechniającym się w XV-XVI wieku osadnictwem wołosko-ruskim. Według najpopularniejszej (choć nie jedynej) hipotezy naukowej, pasterze wołoscy, wywodzący się z terenów dzisiejszej Rumunii. Ich przemieszanie ze słowiańską ludnością ruską zamieszkującą wschodnie Karpaty dało początek oryginalnej grupie etnicznej górali karpackich zwanych Rusinami bądź Rusnakami (w XIX w. upowszechniła się od często używanego przez nich słowa ”łem” nazwa Łemkowie). Przewaga liczebna Rusinów spowodowała, iż miejscowa ludność polska w południowej części doliny Popradu uległa wkrótce w większości językowym, religijnymi i kulturowym wpływom przybyszy (wyjątkiem – administracyjny ośrodek dóbr Muszyna). Łemkowie posługiwali się językiem ruskim (zbliżonym do dzisiejszego ukraińskiego), w piśmie używali cyrylicy. Wyznawali prawosławie – jednak w wyniku unii brzeskiej z 1596 r. większość z nich przyjęła wiarę określaną od XVIII w mianem greckokatolickiej. Przyzwyczajeni do surowych warunków życiowych Łemkowie zaczęli zasiedlać niedostępne, wyżej położone, wcześniej niezasiedlone przez ludność polską obszary górskie. Ich działania osadnicze były wspierane a nawet inspirowane m.in. przez biskupów krakowskich (w dobrach muszyńskich). Od XVI w. aż po rok 1947 Szczawnik był wioską rusińską (rusnacką).
    Ok. 1624 r. powstała w Szczawniku cerkiew greckokatolicka uposażona przez biskupa krakowskiego Mikołaja Szyszkowskiego. W wewnętrznej strukturze biskupiego klucza muszyńskiego ważną rolę odgrywał sołtys Szczawnika, pełniący funkcję porucznika piechoty w muszyńskich siłach zbrojnych. Jeden z nich, Eliasz Szczawnicki za zasługi wojenne został nawet nobilitowany (uszlachcony) na wniosek biskupa M. Szyszkowskiego.
   Działania Konfederacji Barskiej w południowej Polsce wykorzystała cesarzowa Austrii Maria Teresa dokonując już w 1770 r. (dwa lata przed I rozbiorem) aneksji państwa muszyńskiego (oraz starostwa sądeckiego, czorsztyńskiego i nowotarskiego). W 1781 r. klucz muszyński odebrano biskupom krakowskim i przejęto na własność habsburskiego państwa, włączając go do tzw. dóbr kamery. Ludność zajmowała się rolnictwem i pasterstwem oraz kamieniarstwem. W wiosce funkcjonował tartak, młyn i olejarnia. W czasach austriackiej władzy wzniesiono (zapewne) w roku 1841 nową cerkiew – pw. św. Demetriusza (istniejącą do dziś).
    W okresie międzywojennym pojawiają się w wiosce pierwsi letnicy. W Szczawniku żyło wtedy ok. 120 rodzin łemkowskich, jedna cygańska (kowal), jedna żydowska (sklepikarz) i jedna polska (młynarz). Większość Łemków była wyznania greckokatolickiego.  W czasie II wojny światowej w okolice Szczawnika  docierał oddział partyzancki AK Juliana Zubka „Tatara” oraz złożony w części z Łemków komunistyczny oddział Porucidły.  Po wojnie część rodzin łemkowskich uwierzywszy sowieckiej propagandzie wyjechała dobrowolnie do ZSRR. W czasie akcji "Wisła" wysiedlono w 1947 r. na ziemie zachodnie pozostałe rodziny rusińskie. Ich gospodarstwa zajęli Polacy z okolic Łącka, Kamienicy i Piwnicznej. W okresie tzw. eksperymentu sądeckiego (1958) wzrasta zainteresowanie szczawnickimi wodami mineralnymi i walorami turystycznymi miejscowości. Obecnie działa tu Ośrodek Wypoczynkowy „Ostrowiec”, kilka pensjonatów i gospodarstw agroturystycznych, do dyspozycji turystów pole namiotowe. Wielka przyszłość otworzy się po oddaniu do użytku wyciągu narciarskiego łączącego Szczawnik ze stacją narciarską w Wierchomli.