Wody podziemne powstają, gdy woda opadowa dostaje się w głąb ziemi w szczeliny skalne. Składniki mineralne są wypłukiwane przez wody infiltracyjne ze skał lub też są produktami reakcji zachodzących między składnikami chemicznymi. W ten sposób pomiędzy skałami tworzą się pokłady wody mineralnej. Szczególnie gdy woda zostaje nasycana CO2, tworzy się słaby kwas węglowy, będący chemicznie agresywny. Nagazowana woda rozpuszcza związki mineralne, które znajdują się w występujących tam skałach. np. ługowanie szczelin wypełnionych żyłami wapienno-magnezowymi jest przyczyną dużej koncentracji w wodzie jonów Mg2+,Ca2+.
Litologia warstw skalnych, głębokość występowania i czas przebywania wody w środowisku skalnym decydują o jej składzie chemicznym i stopniu mineralizacji. W wodach podziemnych wykryto dotychczas 50 naturalnych pierwiastków z 88 występujących w przyrodzie.
Dzielą się one na:
- Pierwiastki główne (makroelementy) - wodór, węgiel, tlen, sód, magnez, siarka, potas, chlor, wapń, mangan, brom, żelazo, jod
- Pierwiastki rzadkie ( mikroelementy) - lit, bor, fosfor, miedź, cynk, arsen, chrom, kobalt, nikiel, srebro, bar, ołów
- Pierwiastki śladowe - rubid, złoto, rtęć.
- Pierwiastki promieniotwórcze - radon, toron, uran, rad i tor.
Gazy takie jak dwutlenek węgla, siarkowodór czy radon dostają się do wody wskutek procesów zachodzących w głębi ziemi.
Wydajność źródeł zależy od ilości opadów atmosferycznych, więc jest zmienna. Każdy rodzaj wody mineralnej powstaje w sposób i w warunkach nieco odmiennych.
Solanki powstają w wyniku ługowania złóż soli kamiennej lub skał osadowych pochodzenia morskiego.
Szczawy powstają z wód podziemnych przez nasycenie CO2, w warunkach wysokiej temperatury i wysokiego ciśnienia, najczęściej w procesach wulkanicznych, ale również ze skał wapiennych w procesach chemicznych, a także w sąsiedztwie złóż torfowych lub węgla brunatnego.
Wody siarczkowo-siarkowodorowe powstają w głębi ziemi przez saturowanie siarkowodorem wód o małej mineralizacji, zwłaszcza z kwaśnym jej odczynem, najczęściej w wyniku wietrzenia i rozpuszczania gipsów i anhydrytów. Duże ilości H2S wyzwalają się w ekshalacjach wulkanicznych.